艦船通風系統清洗消毒需遵循嚴格衛生標準，重點針對過濾器、加濕器等易滋生微生物部位進行定期清潔與消毒，同時建立應急預案和事故后衛生評價機制，以下為具體分析：

日常清洗消毒

制定計劃：根據衛生要求制定科學合理的日常清洗、檢查和維修計劃，定期對過濾器、加濕器、冷凝水冷卻水系統、空氣處理機組、風口等易滋生微生物的部位進行清洗、更換與消毒，同時還要定期對人員常用的溫濕特殊艙室消毒。

運行前檢查：在系統運行前需要先進行全面檢查和深度清理，確保檢查合格后再運行。

應急處理與消毒

制定預案：在發生緊急情況或爆發疫情后，應根據提前制定好的應急預案進行處理，同時做好事故后的衛生評價。

疫情消毒：在新型冠狀肺炎爆發期間，船舶上發現感染新冠肺炎的患者或疑似患者后，盡快將其隔離，并對隔離區的送風區域實施隔離控制措施，關停空調通風系統并做好整個系統的清洗、消毒工作，根據實際情況啟用其它通風措施。在此基礎上安排專業人員進行衛生評價，待評價合格后方可重新啟動空調通風系統。

消毒方法與藥劑選擇

消毒藥劑：應選擇適用于艦船的消毒藥劑，在生物戰劑種類尚未明確之前，一律按芽胞菌消毒方法處理。洗消藥劑應具有廣譜、高效、速效、理化性能穩定、不受海水影響、無毒、無臭、無刺激性、對艦船表面油漆及其它材料腐蝕能力小等性質。

消毒方式：

船體洗消：大型軍用艦船均已裝備移動式噴霧洗消器和洗消藥劑，將消毒液配好后裝入洗消器內，即可進行噴灑消毒。亦可動用艦船上的消防系統及水幕等對艦船進行洗消。用水沖洗是最簡便、經濟的方法，其消除率可達95%。

艦船內洗消：艦船進入戰斗部署時，均已關閉舷窗、通風口與水密門艙內一般不易受污染。如懷疑已受到污染在撤離戰斗、駛離污染區后可先通風，再以0.5%過氧乙酸液、3%漂白粉上清液或0.8%二氟異氰尿酸鈉溶液噴灑式擦拭，經30 - 60min后，再用清水擦拭。

儀表消毒：各種航海和光學儀器，可用2%堿性戊二醛溶液擦拭。污染的外殼，可用75%乙醇、2%碘酒、0.5%過氧乙酸液或3%漂白粉上清液擦拭，經30 - 60min后，再用清水擦凈。

食物和餐、茶具消毒：上甲板暴露存放的食物，污染嚴重者一律予以燒毀；有外包裝者（如罐頭食品等），可用洗消藥劑的水溶液擦拭2 - 3次，放置30min，然后用水清洗，去掉包裝即可食用。蔬菜、水果可根據戰劑種類選用0.2%過氧乙酸、1%二氟異氰尿酸鈉、0.1%高錳酸鉀或3%漂白粉上清液等浸泡30min，再用水沖洗后即可應用。餐、茶具最好用煮沸法消毒，一般煮沸30 - 60min；不能煮沸的，也可用消毒液浸泡，方法同食物消毒。

給水系統消毒：艦船供水系統，均為封閉式，一般不易受到污染。

服裝消毒：完畢后分部門在后甲板進行。是用壓縮式噴霧器向服裝（防毒衣）乙酸液濕式消毒后，脫下衣服將表面向內折疊，繼續消毒；可用煮沸法、高壓蒸氣法和環氧乙烷氣體法消毒。

人員消毒：局部衛生處理是在戰斗間隙不離開戰斗崗位的情況下就地進行。主要洗消暴露部位的皮膚、個人的武器和裝備等。對皮膚可用2%過氧乙酸等擦拭；沒有消毒劑時可用肥皂水擦洗后，用清水沖洗干凈，也可用干毛巾擦拭，可除去60% - 80%的污染戰劑。全面衛生處理應在撤出戰斗、艦船洗消完畢后進行，未經洗消的艙面露人員不得進入艙室。艦船人員在脫下已消毒的防毒衣后，在洗消淋浴間進行個人洗消。清洗淋浴是最好的身體消毒方式，每人耗水應在50L以上，沖洗10 - 15min，消除率可達90%左右，如結合用肥皂擦洗，消除率在99%以上。可用3%酸液、0.02%高錳酸鉀或0.02%新潔爾滅等溶液洗眼，以除去眼內污染。